مرحوم ميرزا در أواخر عمر خود مبتلا به مرض ريوى شده ، و در ساعت نخستين شب چهار شنبه بيست و چهارم ماه شعبان المعظم سنه هزار و سيصد و دوازده ، مطابق ( . . . ) دلو ماه برجى ، پس از مدت هشتاد و دو سال و سه ماه و نه روز عمر ؛ در سامره بدرجات جنات انتقال فرمود ، و جنازه او را بر سر دست بنجف اشرف حركت داده و در همه منازل و اماكن ما بين اين دو شهر جمعيت زيادى باستقبال آن آمده و همى در ربودن آن مزاحم يكديگر بوده‌اند تا بدان شهر مقدس رسيد ، و در شب آخر شعبان در مقبره‌ئى پهلوى باب طوسى دفن كردند و تاكنون آن مقبره شريفه در آن مكان مقدس معلوم و زيارتگاه خصوص و عموم است . و چنان كه در « هديه : 33 » نگاشته آن جناب دو زن داشته ؛ يكى دختر عمش ميرزا سيد رضى كه زنى بغايت باحيا و در كمال عقل و جلالت و معرفت ، و سبب مكنت آن جناب و سكونتش در سامره همانا آن مخدرهء معظمه بوده ، و خانواده علميه و طلاب را بسى رعايت مىنموده ، و در سنه 1303 در حيات آن جناب وفات كرده و از او براى آن جناب يك فرزند ذكور باقى ماند و دخترى كه همچون مادرش در كمال و معرفت بوده و بحباله نكاح پسر خاله خود ميرزا على محمد درآمده . و زوجه ديگر او مادر مرحوم حاج ميرزا محمد فرزند بزرگ آن بزرگوار بوده ، و وى را از اين دو زن فرزندانى بوده : يكى مرحوم حاج ميرزا محمد مذكور كه در شب 8 ذىالقعده سنه 1270 متولد شده و سيدى عابد و زاهد و از فضلاء محققين و شاگرد پدر بزرگوار خود بوده ، و در زمان حيات پدر در ( ع 2 سنه 1309 ) وفات كرده ، و در نجف در يكى از حجره‌هاى شرقى صحن مقدس دفن شده ، و چهار پسر بنامهاى : 1 - ميرزا جعفر ، و 2 - ميرزا هاشم ، و 3 - ميرزا تقى ، و 4 - ميرزا محمود باز نهاده كه غير از ميرزا تقى باقى ديگر همه صاحب اولاد و اعقاب مىباشند . و ديگر از پسران صاحب عنوان مرحوم حاجى ميرزا على آقا است كه در ( 1287 ) بيايد . و مرحوم ميرزا برادرى داشته بنام ميرزا احمد مستوفى كه در « دانشمندان و سخن‌سرايان فارس 1 : 112 » نامش برده شده . و تاريخ وفات صاحب عنوان بنحو مذكور هيچ قابل ترديد و شك نيست ، ليكن در « طرائق » در روز دوشنبه 8 شعبان اين سال ( 1312 ) نوشته و آن اشتباهى بين و آشكار است . و پس از وفات بهرجا از بلاد شيعه‌نشين خبر وفات او رسيد مجالس فاتحه و ترحيم و سوگوارى حتى در دهات برايش بر پا داشتند و تا قريب يك سال عزاى او دوام داشت .